中醫藥研發中心成立於2010年8月，研發重點在中醫(草)藥有效成分合成方法最適化、並開發中醫(草)藥新藥、輔助療法及養生保健食品。醫研部天然藥物研究中心成立於2010年10月，結合天然物化學、藥物化學、藥理、毒理與分子生物訊息傳遞等跨領域專長，致力於發展國內天然藥物之研究及新藥研發。基於配合本院檢討與整併現有研究中心政策，規劃整合既有之 “天然藥物研究中心”與 “中醫藥研究發展中心”之資源，2014年將天然藥物研究中心併入中醫藥研究發展中心，以利加速發展本院中醫藥研發平台，使中國醫藥大學成為引領全球之中醫藥研究重鎮。
本中心提供專業中草藥新藥開發服務，用以縮短中草藥新藥開發的時程，包含:(1)關鍵有效成分分離篩選、(2)中草藥藥物分子篩選與鑑定、(3)臨床前有效性評估與最佳有效劑量評估、(4)動物毒理測試及(5)臨床試驗評估。
中草藥內含有很複雜的化合物，為了建立國際認證的標準分析方式與鑑定流程，本中心亦引進「指紋」概念，重新整合中草藥的專一性與特異性，以建立中草藥萃取物的科學分析流程。本中心所提供的化學指紋圖譜的分析方法，分別為色層分析法、光譜分析法、其他分析方法。
本中心提供多種生物資訊分析方法，包含分子對接計算(Molecular Docking)、分子模擬(Molecular Modeling)、電腦虛擬篩選(Virtual Screening)及定量結構活性關係計算(QSAR)等服務技術，並搭配國家高速網路與計算中心提供之軟硬體設備，進行相關模擬計算。
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