據統計台灣地區慢性 B 型肝炎流行率約 15-20% ，換言之全台灣約有 250 萬帶原者，而慢性 C 型肝炎流行率約 2-4% ，換言之全台灣約有 50 萬帶原者，每年新發生之肝癌病人約 1 萬人，每日死於慢性肝病及肝硬化者有13人，肝病是國病確實名符其實，因此其治療與定期追蹤之重要性不言而喻。
慢性 B 型肝炎的治療迄今已超過 20 年，目前有口服抗病毒藥物(干安能Lamivudine、干適能Adefovir、喜必福Telbivudine、貝樂克Entecavir、惠立妥Tenofovir)供選擇，必須視病人的條件決定適合的治療策略，治療後的長期追蹤確實可以改善肝硬化及減低肝癌肝硬化的發生率。
據文獻統計，使用干擾素治療ｅ抗原陽性及ｅ抗原陰性之慢性 B 型肝炎患者，分別有 30% 及 20% 之療效，與口服抗病毒藥物相比，透過免疫機轉，更有機會清除 B 型肝炎病毒表面抗原 (或可稱為“治癒” B 型肝炎)。我們的經驗亦有 20% 之療效。
慢性C型肝炎可使用干擾素同時加上口服抗病毒藥物 （雷巴威林）或新型直接抗病毒口服藥物(夏奉寧Harvoni、索華迪Sovaldi、坦克干Daclatasvir+ 速威干Asunaprevir、維健樂Viekirax+易奇瑞Dasabuvir、賀肝樂Zepatier)治療。至肝病中心成立以來，針對干擾素同時加上口服抗病毒藥物 （雷巴威林）已治療將近3500名之C型肝炎患者，成功率可達78%。
衛生福利部中央健康保險署C型肝炎治療試辦計劃於民國106年1月24日起針對肝臟纖維化第3度及肝硬化病患給付全口服藥物治療，治癒率可達90%以上。
本科成立至今，陸續參與多項跨國際合作之B型肝炎(22件)、C型肝炎(37件)及肝癌(9件)的大型藥物臨床試驗計畫，提供病人更多的治療選擇及希望。
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